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1）未来的研究重点应从“分离有益菌”转向“调控定殖过程 （2）PTI（PAMP触发免疫）和ETI（效应因子触发免疫）它们可能通过某些激酶（MAPKKK等）、钙离子信号以及SGT1等辅助蛋白汇聚到一起，共同决定植物免疫反应的强度与类型 （3） 植物免疫的“启动流程”：当植物细胞表面的“哨兵蛋白”——模式识别受体（PRRs）识别到病原菌的分子模式后，会立刻招募一个关键的“助手蛋白”叫做BAK1。两者结合形成受体复合物，并激活下游的一类“传令兵”蛋白激酶RLCK（比如BIK1）。随后，这些被激活的“传令兵”会去磷酸化（即激活）两个关键的“执行者”：RBOHD：负责产生活性氧，直接杀死或抑制入侵的微生物。MAPKKKs：作为MAPK级联通路的起点，最终引发一系列连锁反应 （3）细菌利用效应蛋白攻击免疫信号的关键“枢纽”BIK1和BAK1，瘫痪MAPK级联通路【下游包括，激活特定的转录因子,诱导防御基因表达,内置的负反馈调控机制,促进乙烯和ABA信号,介导气孔免疫与ROS爆发】，有益的根瘤菌也会使用效应蛋白来调节植物免疫，但目的是为了共生。 （3）微生物在附着到根表后，如何避免被植物的免疫系统：改变或隐藏自身的“身份标签”；利用共生信号“压制”局部免疫【结瘤因子】； （4）微生物对免疫应答的耐受：主动中和策略：抑制植物防御物质的分泌，抑制活性氧的产生；被动适应策略：微生物会分泌胞外多糖等物质，解毒植物产生的抗菌物质；主动寻找免疫“薄弱点”定殖
物理分离：该系统在一个培养皿中，用一层半透膜将植物和微生物物理隔开（防止直接接触），但允许小于14kDa的根系分泌物、代谢物和信号分子自由通过。目的：传统方法很难区分“物理接触”和“化学信号”各自的作用。LEAP-CS 解决了这一难题，可以直接研究纯化学信号介导的相互作用。
本综述特别强调多界微生物相互作用，包括细菌、真菌、原生生物和古菌，及其在工程化根际系统中针对特定胁迫进行定制化应用的潜力。
宿主遗传学解释了单个微生物类群丰度变异的9%–39%，其中核心类群受宿主遗传变异的影响更大。
本综述系统总结了以下内容：1. 根际微生物群落组装的关键驱动因素，特别是植物的“求救信号”；2. 核心有益微生物类群及其抑病机制；3. 微生物互作网络的关键作用；4. 基于微生物组的管理策略及其应用进展；5. 当前面临的挑战和未来的研究方向。
（1）Plants live in close association with microbial communities that support their health and growth. 植物与支撑其健康和生长的微生物群落紧密共生。 （2）Previous research has indicated that the composition of these communities can differ between genotypes of the same plant species. 已有研究表明，这些微生物群落的组成在同一植物物种的不同基因型之间可能存在差异。 （3）Host-related factors causing this variation are mostly unknown.导致这种变异的宿主相关因素大多未知。
已知MdUGT88F1介导的根皮苷生物合成可增强抗病性，但其在塑造根际微生物组以及赋予对Fpmd MR5抗性方面的作用尚不清楚。
（1）The aerial parts of plants, which are collectively referred to as the phyllosphere, includes leaves, flowers, stems, fruits, and pollens, each with unique morphological and physical properties （2）叶片表面并非无菌，而是被大量微生物（附生菌）覆盖，它们常以生物膜的形式聚集在气孔等特定区域。气孔是微生物进入叶片内部的重要“门户。
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别是芽孢杆菌门的成员，作为能够促进植物生长并增强其对生物和非生物胁迫耐受性的有效生物接种剂，正受到越来越多的关注。