别是芽孢杆菌门的成员，作为能够促进植物生长并增强其对生物和非生物胁迫耐受性的有效生物接种剂，正受到越来越多的关注。

Interactions of PGPR from the phylum bacillota with native rhizosphere microbiota: current insights and future perspectives 

摘要

（1）The intensive use of synthetic fertilizers and pesticides has increased crop productivity but also contributed to soil degradation and biodiversity loss, highlighting the need for more sustainable agricultural strategies.合成肥料和农药的大量使用提高了作物生产力，但也导致了土壤退化和生物多样性丧失，这突显了对更可持续农业策略的需求。

（2） Among emerging solutions, plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR), particularly members of the Bacillota phylum, are gaining attention as effective bioinoculants that enhance plant growth and tolerance to biotic and abiotic stresses.在新兴的解决方案中，植物根际促生细菌，特别是芽孢杆菌门的成员，作为能够促进植物生长并增强其对生物和非生物胁迫耐受性的有效生物接种剂，正受到越来越多的关注。

（3） However, introduced strains do not function in isolation. They enter complex microbial communities, shaped by plant type and developmental stage, influenced by soil properties and environmental conditions.然而，引入的菌株并非孤立地发挥作用。它们进入由植物类型和发育阶段塑造、受土壤性质和环境影响复杂的微生物群落中。

（4）While the positive effects of PGPR on plant performance are well documented, their impact on indigenous rhizosphere microbiota remains less studied. 尽管植物根际促生菌对植物表现的有益作用已有充分记录，但它们对本地根际微生物群落的影响研究仍较少。

（5） This review synthesizes current knowledge on how Bacillota-based inoculants influence native microbial communities in cereals, vegetables, orchard crops, and fiber plants. 本综述整合了关于基于芽孢杆菌门的接种剂如何影响谷类、蔬菜、果园作物和纤维作物中本地微生物群落的现有知识。

（6）Most studies report shifts toward plant-beneficial taxa and reduced abundance of potential pathogens following Bacillota application. 大多数研究报告指出，在施用芽孢杆菌门接种剂后，微生物群落向对植物有益的类群转变，并且潜在病原菌的丰度降低。

（7） Frequently enriched genera include Bacillus, Pseudomonas, Lysobacter, Sphingomonas, Streptomyces, Azotobacter, Arthrobacter, Pseudarthrobacter, Bradyrhizobium, Devosia, Flavobacterium, Klebsiella, Herbaspirillum, and Rhodanobacter. 经常被富集的属包括：芽孢杆菌属、假单胞菌属、溶杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、链霉菌属、固氮菌属、节杆菌属、假节杆菌属、慢生根瘤菌属、德沃斯氏菌属、黄杆菌属、克雷伯氏菌属、草螺菌属和红杆菌属。

（8）These changes are often associated with improved plant growth and yield, and stress resilience.这些变化通常与植物生长、产量和胁迫恢复力的改善相关

（9）However, responses strongly depend on strain, plant and methodological approach.然而，响应效果在很大程度上取决于菌株、植物类型和方法学方法。

（10）  We summarize commonly applied approaches used to assess these interactions.我们总结了用于评估这些相互作用的常用方法。

（11）  Despite technological advances, limitations remain, such as single time-point sampling, simplified experimental systems, and insufficient integration of inoculant persistence with community analyses. 尽管技术进步了，但局限性仍然存在，例如单时间点采样、简化的实验系统，以及对接种剂持久性与群落分析的整合不足。

（12） Standardized, multi-site experimental frameworks, with multiple sampling terms are needed to improve predictability and ensure the safe implementation of PGPR-based solutions in sustainable agriculture. 需要标准化的、多站点的、包含多个采样时间点的实验框架，以提高可预测性，并确保基于植物根际促生菌的解决方案在可持续农业中的安全实施。

（13） Result

（14） Plant growth-promoting rhizobacteria interaction 植物促生根际细菌相互作用

根际互作网络示意图，展示了植物根际促生细菌（PGPR）、宿主植物和病原菌三者之间复杂的双向相互作用关系。它通过五组配对（植物-PGPR、植物-病原菌、PGPR-植物、病原菌-植物、PGPR-PGPR、PGPR-病原菌），直观地概括了根际微环境中的信号交换、营养竞争和防御调控机制

（15） PGPR interaction with host plants PGPR与寄主植物的相互作用

（16） PGPR interaction with native microbiota PGPR与本地微生物群的相互作用

（17） Reported impact of Bacillota inoculation on native rhizosphere microbiota 芽孢杆菌接种对本地根际微生物区系的影响

（18） Cereal crops 谷物

（19） Vegetables 蔬菜

（20） Orchard plants 果园植物

（21） Fiber plants 纤维植物

总结了基于芽孢杆菌门的接种剂对根际微生物群落中最常影响的微生物类群，并用颜色编码了这些类群被影响的方向（富集、耗竭或两者兼有）。

（22） Detection methods 检测方法

（23） PCR-based methods 基于PCR的方法

（24） Sequencing-based methods 基于测序的方法

（25） Multi-omics 多组学

（26） Limitations 限制

 Frequently enriched genera include Bacillus, Pseudomonas, Lysobacter, Sphingomonas, Streptomyces, Azotobacter, Arthrobacter, Pseudarthrobacter, Bradyrhizobium, Devosia, Flavobacterium, Klebsiella, Herbaspirillum, and Rhodanobacter. 经常被富集的属包括：芽孢杆菌属、假单胞菌属、溶杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、链霉菌属、固氮菌属、节杆菌属、假节杆菌属、慢生根瘤菌属、德沃斯氏菌属、黄杆菌属、克雷伯氏菌属、草螺菌属和红杆菌属。